その歴史は古く、1882年（明治15年）にまでさかのぼります。にしんそばを発案したのは「松葉」2代目の松野与三吉。この松葉は、1861年（文久元年）に芝居茶屋として創業したお店です。松野与三吉は、京都の人々の大事なタンパク源である「身欠きにしん」をなんとか蕎麦と合わせることはできないかと考え、試行錯誤を重ねた結果「にしんそば」が完成し、洛中洛外にそのおいしさを広めることとなります。

身欠きにしんは、良質なタンパク質をはじめとし、ビタミンやミネラルのバランスがとれた食材で、これを健康食材である蕎麦と合わせることで、さらに栄養バランスのとれた食事となります。にしんそばの具は、甘辛く炊いた「棒炊き」と呼ばれる身欠きにしんの甘露煮のみ。これにお好みで刻みネギをのせて食べます。京都ならではの上品なお出汁に身欠きにしんの脂が溶け出して独特の深いコクを生み出し、甘辛いにしんの身が淡泊な味わいの蕎麦とよく合って、上品な味わいとなっています。

北海道はかつてにしん漁が盛んでした。商業の町であった江差町から北前船で京都へと身欠きにしんが運ばれ、にしんそばが生まれましたが、身欠きにしんが生まれた江差町でもにしんそばは食べられます。江差町では、にしん漁で栄えた豪商の「鰊（にしん）御殿」が観光名所となっており、有形民俗文化財に指定されている「横山家」に江戸時代から伝わるにしんそばが江差町での元祖となっています。こちらのにしんそばも、かけそばに身欠きにしんの甘露煮がのったものです。お出汁は関東風の濃いめのもの。刻み海苔が添えられている点が、京都のにしんそばとの違いです。また、江差町以外にも留萌市や小樽市でもにしんそばは食べられます。